1916年中国に戻った蔡元培は、翌年
北京大学学長に任命され北大改革に着手した。その内容は北大の指導体制と学科、学制の整備、科学研究機関の設立、平民教育の提唱と男女共学などがある。また優秀な人材を陋習にとらわれず登用したことで、北大の学術研究の発展と、自由思想の校風は迅速に実現した。また蔡元培は当時隆盛であった
新文化運動にも関与している。
白話文の使用による文学革命を支持し、封建復古守秘に反対し、科学と民主を基本とする新思想の確立を提唱した。その努力は北大が
五四時期の時期に新文化運動の中心となり、民主と科学を標榜し、全国の大学の中で初めて女子学生を受け入れたことで体現化されることとなった。