後三条院とその生母である
陽明門院は白河天皇の異母弟
実仁親王更にその弟の
輔仁親王に皇位を継がせる意志を持ち、譲位時に実仁親王を
皇太弟と定めた。白河天皇はこれに反発したが
応徳2年(
1085年)実仁親王は病没した。これにより、応徳3年11月(
1086年)、白河天皇は輔仁親王ではなく、8歳のわが子の善仁親王(第73代
堀河天皇)を
皇太子に立て、即日譲位した。太上天皇となった白河上皇は、幼帝を後見するために白河院として自ら政務を執り、いわゆる
院政が出現した。引き続き摂政関白は置かれたものの、これにより名目上の存在に近いものとなる。
ただし、白河上皇当初から強い権力を有していたわけではなかった。天皇在位中からの摂関であった
藤原師実とは協調を図っており、師実も争うことを好まなかったこともあって、実際の政策決定過程において親政期及び院政初期には摂関政治と大きな違いはなかった。また、堀河天皇が成人すると、上皇の政治介入に反発する関白
藤原師通とともに親政を図って一時成功していた時期もあったが、幼帝の後見という目的を果たしたことや後述のように出家したこともあって白河法皇もこれを許容していた。それが大きく転換したのは、師通の急逝による摂関家内部の混乱とそれに続く堀河天皇の崩御に伴うその皇子で自らの孫である第74代
鳥羽天皇の即位であったと考えられている。摂関政治の機能停止に伴って父院である白河法皇が摂関に替わる天皇の補佐機能を行うようになり、更に堀河天皇の崩御に伴う幼帝(鳥羽天皇)の再出現と政治的に未熟な若い摂政(
藤原忠実)の登場によって、結果的に権力が集中したと考えられている。政治的権限を掌握した白河法皇は、受領階級や武家出身の近臣を用いて専制的な政治を行った。武士は、院の警護役として創設した
北面の武士になどにあてた。特に康和4年と保安元年の2度にわたって忠実の職権を停止したことは摂関の権威の低下を内外に見せることになった。更に実仁立太子を巡る教訓から、堀河・鳥羽・崇徳の異母兄弟に対しては
親王宣下も
臣籍降下も認めずに
出家させて、皇位継承権を剥奪した(
法親王制度の創設は彼らへの慰藉の側面もある。なお、崇徳の異母弟である
近衛天皇の誕生は白河の没後である)。