前述のとおり、山形方面と秋田方面は軌間が異なるため、同一車両での直通はできない(奥羽本線秋田方面・陸羽西線と陸羽東線は5番線を介して狭軌レールがつながっているため直通可)。そのため当駅の構造は、1、2番線(山形方面)と3、4番線(秋田、酒田方面)が
頭端式で向き合う変則的なものになっている。5番線は山形寄り(右の構内写真左手奥)にある。またこの構造に由来して、階段を使わずに各乗り場間の行き来が可能であり、
バリアフリーとなっている。なお
秋田駅や
山形駅のような新幹線乗換改札口はない。2008年3月、有人改札口と在来線ホームとの境目に
モバイルSuica専用の自動改札機が設置された(通常の
Suicaには対応していない)。