受賞は、選考委員の合議によって決定され、年1回5月に発表される。受賞者には正賞として記念品、副賞として100万円(
2006年現在)が授与される。選考対象は、前年4月から当年3月までに発表された小説とされているが、実際はその期間に発行された単行本が対象になることが大半で、長編・連作短編・短編集など作品の形式はさまざまである。
山本周五郎は、
直木三十五賞を唯一辞退した作家である(第17回『日本婦道記』にて)。その性質からか、直木賞よりは権威・知名度が若干下がるものの、直木賞では扱いづらいファンタジー寄りの幻想小説(『異人たちとの夏』『安徳天皇漂海記』)や
レズビアンの恋愛小説(『白い薔薇の淵まで』)、人間の心理により深く入り込むミステリー小説(『火車』『家族狩り』)、また『TUGUMI』や『血と骨』などミリオンセラーになったうえ映画化され大ヒットした作品など、受賞作が著名なものも多く「先見の明の傾向がある賞」として位置づけられている。また第4期までは選考会の全記録を文章化して、結果発表の場である『
小説新潮』に掲載するなど、直木賞との違いを明確に打ち出していた(第5期から選考委員一人ずつの選評に変わったが、それでも他の雑誌と違い一人3ページずつと長めに掲載されている)。
